השימוש בקנאביס רפואי לטיפול בבעיות רפואיות חמורות, הוכר כבר לפני שנים כיעיל ומומלץ כיום על ידי רופאים וחוקרים מובילים בתחום. למרות האישור לשימוש בחומר לצרכים רפואיים במקרים מיוחדים, הוא נמצא במעין אזור דמדומים. הקנאביס הרפואי נחשב אמנם לטיפול רפואי-תרופתי מוכר בפיקוח משרד הבריאות, אבל הוא זוכה ליחס של "בן חורג", שגידולו והפצתו נתקלים בקשיים. קיים הבדל משפטי מהותי בין אישור לצריכה עצמית של מריחואנה, לבין האישור שניתן לספקים, המייצרים ומוכרים אותה. בנוסף - שימוש במריחואנה רפואית ללא אישור משרד הבריאות עלול לגלגל לפתחו של המגלגל אישום פלילי.

גלגולו של גלגול
ועדת משרד הבריאות שהתירה את השימוש בקנאביס ב-1999, קבעה שהחומר יאושר לשימוש רק עבור חולים במקרים קיצוניים, כדי להקל על סבל הנובע ישירות ממחלתם. אבל הוועדה לא ענתה לשאלה: כיצד אמורים אותם חולים להשיג את החומר, שלא גודל אז בישראל באופן חוקי.
 
עד  שנת 2005 ניתנו אישורים לעישון קנאביס רק לעשרה ישראלים, שמשרד הבריאות אפשר להם לגדל עצמאית עד עשרה שתילים ולהחזיק עד 200 גרמים של שתילים מעובדים.
לאור הגידול במספר המשתמשים במריחואנה הרפואית, עלה צורך להכשיר במעט את החומר הבלתי חוקי. בשנים הראשונות לשימוש, התקבל החומר מתפיסות משטרתיות, ובמקרים בודדים קיבלו החולים היתר מיוחד לגדל שתילים לשימושם העצמי.

מדינת ישראל חתמה כבר בשנת 1961 על אמנה בינלאומית להפצת מריחואנה לצרכים רפואיים. החל משנת 2006 נוצר קשר עם חבר בארגון "תיקון עולם", שהיה מוכן לגדל את החומר ולתת אותו ללא כל תשלום לחולים, ממניעים פילנתרופיים. בעקבותיו  אושר ל-14 חוות בישראל לגדל מריחואנה,  אבל בפועל ישנם רק שני מגדלים וקיימים עיכובים בירוקרטים לרוב.

כיום רק רופא אחד בלבד, מנהל בית החולים אברבנאל, יכול לתת אישורים למתן מריחואנה רפואית. על פי ההצעה אותה מקדם משרד הבריאות, גם מנהלי מחלקות אונקולוגיות בבתי חולים מסוימים, ואונקולוגים ראשיים בקופות החולים יוכלו לתת אישורים לצריכת מריחואנה רפואית ובהמשך אף יורחבו הסמכויות למנהלי מחלקות נוספות בהתאם למחלות המאפשרות כיום קבלת אישור. להערכת משרד הבריאות צפוי עד סוף 2010 גידו

ל של 66% במספר ה"מאושרים".

שוק שחור בחומר הירוק
עד כה ניתנו 3,000 אישורים לטיפול במריחואנה רפואית, וההערכה היא כי בסוף 2010 יינתנו 5,000 אישורים נוספים. הסדרת הטיפול במריחואנה רפואית החלה לאחרונה בוועדת הבריאות של הכנסת, ותימשך בנהלים מפורטים, הנכתבים בנושא במסגרת המועצה המדעית בהסתדרות הרפואית.
משרד הבריאות בוחן שני מודלים לגידול ולהפצת המריחואנה, שיהפכו את תחום הגידול וההפצה לעסק כלכלי וחוקי לכל דבר: האפשרות הראשונה היא שקופות החולים ירכשו את החומר מהמגדלים וימכרו אותו לחולים בעלי ההיתר, כאשר חולים מעוטי היכולת יקבלו את החומר ללא תשלום. אפשרות אחרת, היא שמשרד הבריאות ירכוש את התוצרת מהמגדלים, ויספק אותה לחולים באמצעות בתי מרקחת שישמשו כנקודות חלוקה. החולים, מצידם, יקימו עמותה וישלמו לה מדי חודש שיקים בסכום קבוע, על-פי יכולתם הכלכלית.
בחודשים האחרונים התגלה בשוק החומר הרפואי בידיים של סטלנים מן היישוב, שהתענגו על הריכוז הגבוה במיוחד של החומר הפעיל בקנאביס הרפואי. בנוסף לחששות שצרכנים "מאושרים" יפקיעו מחירים תמורת הסחורה המשובחת ויקבלו לידיהם שיקים ממשתמשים שאינם "מאושרים". וגרוע מכך - קיים חשש להשתלטות משפחות פשע על התחום. למניעת מצבים מעין אלה מתוכננת אספקה מאובטחת שתחייב שינוע מריחואנה רפואית בכמות הגבוהה מ-50 גרם, רק ברכב ובו מאבטח עם נשק. בנוסף, החלו רופאים המטפלים במחלות המאושרות למריחואנה רפואית  לקבל איומים על חייהם ממטופלים שדרשו לקבל אישור לחומר. בעקבות זאת קיבלו הרופאים הוראה לספק אישורים רק למטופלים מוכרים לאחר שטיפולים קודמים שלא הביאו להם הקלה. בקיצור - החיים הם לא ירוקים לגמרי.